El Río Santiago atraviesa en El Salto y Juanacatlán una de las regiones industriales más importantes de Jalisco. Desde la segunda mitad del siglo XX, la expansión del Corredor Industrial Ocotlán–El Salto convirtió al río y a varios de sus afluentes en receptores de descargas industriales, aguas residuales urbanas, residuos agropecuarios y otros contaminantes. Un inventario oficial realizado en 2006 identificó 305 fuentes de contaminación en cuatro municipios de la cuenca, de las cuales 271 eran industriales. Estudios posteriores documentaron metales pesados, compuestos orgánicos tóxicos, contaminación microbiológica y cientos de sustancias químicas en el sistema hídrico. Las comunidades de El Salto y Juanacatlán han denunciado durante décadas afectaciones al agua, aire, salud y formas de vida. Organismos de derechos humanos estatales, nacionales e internacionales han reconocido la gravedad del caso. A pesar de nuevas inversiones y programas de saneamiento entre 2025 y 2026, la contaminación persiste y el territorio continúa sometido a presión industrial, urbana e infraestructural.

La Cuenca del Alto Atoyac, entre Puebla y Tlaxcala, constituye una de las regiones de contaminación industrial y urbana más documentadas de México. Más de seis décadas de industrialización, crecimiento urbano, descarga de aguas residuales, transformación agrícola y regulación ambiental insuficiente han deteriorado los ríos Atoyac, Zahuapan, Xochiac y sus afluentes. En 2011, el gobierno federal reconoció oficialmente la alteración de la calidad del Atoyac y el Xochiac por descargas industriales y municipales. En 2017, la Comisión Nacional de los Derechos Humanos documentó violaciones a los derechos a un medio ambiente sano, al saneamiento del agua y al acceso a la información. La investigación científica posterior ha registrado mezclas complejas de metales, compuestos orgánicos, plaguicidas y otros contaminantes, así como indicadores de exposición y daño biológico en poblaciones de la cuenca. La contaminación continúa activa. En 2026 el diagnóstico gubernamental reportó alrededor de 4,900 puntos de descarga a lo largo de los ríos Atoyac y Zahuapan. Por número, la mayoría corresponde a descargas domésticas y municipales, mientras que las industriales representan un problema de toxicidad y regulación especialmente complejo. El gobierno federal ha iniciado un nuevo programa de saneamiento, mientras organizaciones comunitarias mantienen la exigencia de detener las fuentes contaminantes, reparar los daños y garantizar su participación efectiva en las decisiones sobre la cuenca. Para efectos del programa federal de saneamiento iniciado en el actual sexenio, la cuenca comprende 70 municipios, 48 de Tlaxcala y 22 de Puebla. La delimitación empleada por la revisión científica de Torres, Ramírez-Anguiano y Arroyo-Ortega comprende 69 municipios, 47 de Tlaxcala y 22 de Puebla.

El Aeropuerto Internacional Felipe Ángeles inició operaciones el 21 de marzo de 2022 en la Base Aérea Militar de Santa Lucía, dentro de los municipios de Zumpango y Tecámac. Su construcción transformó un proyecto aeroportuario en un proceso regional de reorganización territorial. El Programa Territorial Operativo elaborado por SEDATU para la zona de influencia proyectó más de un millón de habitantes adicionales hacia 2052, 245 mil nuevas viviendas y la necesidad de 6,126 hectáreas para actividades industriales, servicios, recreación y otras funciones urbanas vinculadas al crecimiento de la región. Los principales conflictos documentados se relacionan con el abastecimiento de agua, los sistemas comunitarios que administran pozos en Tecámac y Zumpango, la apropiación y regularización de tierras, la expansión urbana, la transformación de la movilidad y los impactos acumulativos de las obras asociadas. La ASF encontró deficiencias importantes en la evaluación ambiental original, entre ellas que la MIA regional fue elaborada en 45 días y que 47 de sus 58 medidas de mitigación no precisaban cómo atenderían los impactos identificados. Área inmediata de influencia territorial: Nextlalpan, particularmente San Miguel Xaltocan; Tonanitla; Jaltenco; Tultepec; Tultitlán y Tizayuca, Hidalgo. Estos ocho municipios fueron incluidos por SEDATU dentro del Programa Territorial Operativo de la Zona Norte del Valle de México elaborado específicamente para atender las transformaciones asociadas con el AIFA. Otras localidades y territorios directamente relacionados: San Lucas Xoloc, Santiago Atocan, Xaltocan y San Francisco Tenopalco, cuyas tierras aparecen en el decreto de expropiación de 2021. Este último núcleo pertenece a Melchor Ocampo, municipio que no forma parte de los ocho originalmente comprendidos en el PTO. Sistemas ambientales relacionados: acuífero Cuautitlán–Pachuca, Laguna de Zumpango y acuífero Valle del Mezquital. Relación metabólica ampliada: Tula y el Valle del Mezquital, Hidalgo. La propia planeación territorial del AIFA contempló un acueducto desde el acuífero Valle del Mezquital como fuente externa de abastecimiento. La ASF confirmó que SEDENA había establecido acuerdos con CONAGUA para desarrollar esta alternativa.