El Tren Maya es un megaproyecto de infraestructura ferroviaria en el sureste de México que, lejos de ser un simple medio de transporte, se ha convertido en un eje central del modelo extractivista en la región. Con el argumento de impulsar el desarrollo, el tren facilita la expansión de megaproyectos turísticos, agroindustriales y energéticos, promoviendo la privatización de tierras comunales y el desplazamiento de comunidades indígenas y campesinas. Su construcción está ligada a la implementación de polos de desarrollo que favorecen a empresas privadas y fomentan la especulación inmobiliaria, mientras que también refuerza el modelo de explotación de recursos naturales, impulsando la generación de energía a través de proyectos eólicos, solares y gasíferos. A pesar de ser presentado como un proyecto de desarrollo sostenible, el Tren Maya ha generado impactos ambientales y sociales significativos, incluyendo la destrucción de ecosistemas y la fragmentación del tejido comunitario. Su implementación ha sido respaldada por políticas gubernamentales que han recurrido a la militarización y a consultas deficientes con las comunidades indígenas, deslegitimando su derecho a la autodeterminación. En este sentido, más que una propuesta de desarrollo inclusivo, el proyecto representa la continuidad de un modelo colonial que reconfigura el territorio en función de intereses empresariales y transnacionales, consolidando dinámicas de despojo y explotación bajo la retórica del progreso y la modernización.

El Río Santiago atraviesa en El Salto y Juanacatlán una de las regiones industriales más importantes de Jalisco. Desde la segunda mitad del siglo XX, la expansión del Corredor Industrial Ocotlán–El Salto convirtió al río y a varios de sus afluentes en receptores de descargas industriales, aguas residuales urbanas, residuos agropecuarios y otros contaminantes. Un inventario oficial realizado en 2006 identificó 305 fuentes de contaminación en cuatro municipios de la cuenca, de las cuales 271 eran industriales. Estudios posteriores documentaron metales pesados, compuestos orgánicos tóxicos, contaminación microbiológica y cientos de sustancias químicas en el sistema hídrico. Las comunidades de El Salto y Juanacatlán han denunciado durante décadas afectaciones al agua, aire, salud y formas de vida. Organismos de derechos humanos estatales, nacionales e internacionales han reconocido la gravedad del caso. A pesar de nuevas inversiones y programas de saneamiento entre 2025 y 2026, la contaminación persiste y el territorio continúa sometido a presión industrial, urbana e infraestructural.

La Zona del Valle del Mezquital ha sido considerada como una de las zonas más contaminadas del planeta. Se le ha denominado como un "infierno ambiental" debido a la concentración de corredores industriales, el desague de las aguas negras que llegan de la Ciudad de México, la presencia de un importante complejo industrial energético.